Nacque ad Asiago nel 1811. Dopo la scuola elementare ad Asiago, fece gli studi classici e teologici in seminario a Padova, dove divenne sacerdote nel 1833. Si laureò in teologia e dopo aver insegnato per alcuni anni a Padova, fu mandato a Vienna a perfezionare gli studi teologici, particolarmente sul problema dei rapporti tra Stato e Chiesa. Nella capitale dell’impero egli insegnò italiano e storia nell’accademia militare.
Nel 1842 vinse la cattedra di Diritto Canonico all’Università di Pavia, dove i suoi corsi furono seguiti con grande interesse da numerosi studenti. Nel 1858 passò all’Università di Padova dove fondò la cattedra di diritto internazionale e dove nel 1866 divenne Rettore Magnifico. A Padova nel 1866 tenne il discorso di saluto a Vittorio Emanuele II dopo l’annessione del Veneto all’Italia.
Morì il 18 marzo. Fu uomo di grande intelligenza, prete di profonda spiritualità, insegnante di vasta cultura. Fu autore di numerose e qualificate opere di diritto civile-ecclesiastico, di diritto civile ed ecclesiastico. È ritenuto dagli storici come “il miglior cervello tra gli abati universitari” del 1800. Egli sostenne la libertà della Chiesa nella libertà dello Stato, al fine del bene comune definito “la maggior possibile felicità dell’umano consorzio”. Sostenne la libertà di coscienza e il dovere di tolleranza, puntualizzando il principio di “tolleranza caritatevole” e facendo sentire l’esigenza di amicizia anche con gli avversari. Ad Asiago il Pertile tornava ogni volta che ne aveva la possibilità e nel suo testamento chiedeva di venire sepolto nel cimitero di Asiago e di donare al Comune di Asiago la sua ricca biblioteca.
Tra le qualità straordinarie del Pertile, la principale fu “l’arte di insegnare” secondo il riconoscimento di studenti, colleghi e autorità. Ebbe molte onorificenze, fra cui quella di Commendatore della Corona d’Italia.